PubMed Tutorial

11/01/2013
Visione generale
PubMed
Informatica Medica e Biologica, a.a. 2011/12
Facoltà di Medicina Veterinaria
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Cos’è PubMed
Come si accede
Strategia di ricerca
Operatori Booleani
Ricerca intuitiva
Come PubMed esegue una ricerca standard
Associare i risultati
Limitare la ricerca
Trovare i riferimenti più recenti
Panoramica
Cos’è PubMed?
Medical Subject Headings (MeSH)
Trovare e usare MeSH nella ricerca con PubMed
Aggiungere termini alla propria ricerca
Consultare la history
Vedere i risultati
Utilizzare i risultati
Salvarli
Altre Caratteristiche
• Banca dati biomedica
• Versione elettronica dell’Index Medicus
• Istituito dalla National Library of
Medicine (NLM), U.S.
• Copre i settori della medicina,
infermieristica, odontoiatria, veterinaria,
organizzazione sanitaria……..
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Strategia di ricerca
Cosa Contiene?
• Contiene più di 21 milioni di citazioni
bibliografiche di articoli su riviste
• Medline ha indicizzato circa 5400 riviste
• Contiene citazioni di pubblicazioni
internazionali (75% English) di 70 paesi (40%
USA)
• Attiva dal 1950
• Aggiornamenti quotidiani
• Gratuita dal 1997
• Altri dettagli:
•
•
Esempio:
vorrei sapere se è possibili prevenire il
tumore alla mammella negli animali con
una dieta specifica e/o vitamine.
Parole chiave:
tumore al seno
prevenzione
vitamine
alimentazione
Breast cancer
Prevention
Vitamins
Nutritional Supplements
http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html
Operatori logici (booleani)
•
AND
– Unisce 2 o più differenti
concetti. Aiuta a restringere
i risultati della ricerca.
•
OR
– Collega 2 o più sinonimi o
termini correlati. Amplia i
risultati della ricerca.
•
NOT
– Vengono esclusi i termini o
i concetti non desiderati.
Riduce il numero dei
risultati.
Strategia di ricerca
• Relazioni tra concetti:
Breast cancer
AND
prevention
AND
(vitamins OR nutritional supplements)
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Ricerca intuitiva
• Facile, veloce
• Richiede una conoscenza minima degli
operatori logici
• Il sistema fa tutto lui! (mappando i termini
in modo appropriato)
• Ricerca molto ampia
• Bassa precisione
PubMed: Ricerca e funzioni di
ricerca
Accesso
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
National Center for Biotechnology Information
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Risultati
utilizzando Basic Search, inserire le parole chiave nella search box. In PubMed,
non è necessario usare citazioni, AND, OR, o speciali formati.
Nella ricerca libera, PubMed ti aiuta a scegliere i termini. Quando inizi a scrivere
una parola, in automatico si evidenzia una lista di termini possibili.
Seleziona quello che vuoi.
Anatomia dei risultati
Caratteristiche dell’abstract
Il titolo
la lingua in
cui è scritto
l’articolo
Gli autori
Se vogliamo avere altre informazioni come l’abstract
o l’intero testo dobbiamo
cliccare
Il contenuto
dell’articolo
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Ricerca per autore
Combinare diversi concetti
Non ci sono comandi
speciali per cercare
un articolo di un
autore, inserisci il
nome dell’autore (non
è necessario il punto):
Cognome e iniziali
del nome
PubMed lo riconosce
come autore e
automaticamente lo
ricerca
Note: PubMed trova l’autore, indipendentemente da
dove si trova nella lista degli autori – primo , secondo
o terzo posto
Scrivi una frase che comprenda tutti i termini della ricerca. Non usare
AND o OR, in modo da non interferire con la ricerca di PubMed. Non ha
importanza l’ordine della parole. Se vuoi vedere esattamente cosa
PubMed sta cercando, guarda sul Search Details per il percorso.
Trovare le riviste
Traduttori
PubMed traduce automaticamente e in modo corretto utilizzando AND con le tue
parole, e OR + i sinonimi. Ora guarda il metodo di ricerca utilizzato in fondo ai
Details.
Cercare una rivista usando il
titolo con:
– L’abbreviazione ufficiale di
Medline • New Engl J Med
– Abbreviazioni più note, meno
ufficiali • NEJM
– Il titolo completo • New England Journal of
Medicine
note: È possibile ottenere diversi risultati.
Utilizzare l’abbreviazione ufficiale è il modo
migliore per ottenere una buona ricerca.
Si può utilizzare il database Journals dalla
home page di PubMed per trovare la sigla
ufficiale e per recuperare il numero esatto
di tutti gli articoli di una particolare
rivista.
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Limitare la ricerca
•Clicca
sull’etichetta Limit
Cliccare
Limitare la ricerca
• Scegli i limiti
Applica i tuoi limiti
• Clicca su
• PubMed applica
i tuoi limiti ed
esegue la ricerca
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I risultati dopo avere
eseguito la ricerca con i limiti
Per recuperare i riferimenti
più recenti
• Clicca sull’etichetta
Limit
• Scegli il parametro
tempo
• Scegli il periodo
desiderato
• Clicca su Go (in
alto o in fondo allo
schermo)
Ricerca diretta da citazioni specifiche
(1)
Vai su Single
Citation Matcher e
clicca sull’etichetta
Ricerca diretta da citazioni specifiche
(2)
Inserisci i dati
che conosci
poi vai su Go
e dai l’invio
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Ricerca diretta da citazioni specifiche
(3)
Scegli l’autore, clicca su Go e
guarda i risultati
I descrittori di soggetto
MeSH (Medical Subject Headings)
• È una lista di parole o frasi standardizzate:
cancer=neoplasms
• Elimina le diverse trascrizioni : tumor or
tumour=neoplasms
• Copre una grande quantità di sinonimi o termini più
specifici : neoplasms include Lung neoplasms, Kidney
neoplasms, Breast neoplasms, etc.
• I termini sono disposti in una gerarchia « ad albero » in
cui i termini generali contengono i termini più specifici.
MeSH
(Medical Subject Headings)
MeSH (2)
• Permette di trovare un numero contenuto
di articoli riguardanti un soggetto
utilizzando l’opzione Major topic
• Consente di ridurre un argomento a
sottovoci (subheadings) che
rappresentano specifici aspetti
dell’argomento stesso - ex. : Breast
Neoplasms – prevention & control
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MeSH (3)
Per trovare MeSH e usarlo nella
ricerca con PubMed
• scegli
MeSH
database
• Scrivi il
concetto
nella
query
box
Clicca su
MeSH
Database
Trova e usa MeSH…..
• Consulta le
informazioni su
MeSH
• Fai le scelte
opportune in
base alla
stringa di
ricerca (major
topic,
subheadings
a seconda delle
necessità)
Trova e usa MeSH….
• Scegli una o più
subheadings per
MeSH
• Spedisci a Search box
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Trova e usa MeSH …
• Scegli MeSH
Trova e usa MeSH..
• Click su Search
PubMed (scegliendo
MeSH-Subheadings
queste sono cercate su
PubMed)
• Spedisci MeSH alla
Search box
Videata dei risultati
• Questi sono i
risultati della tua
ricerca
Aggiungi termini alla tua
ricerca
• Ripeti il processo
con altri concetti
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Aggiungi termini alla tua
ricerca
• Combina i termini
usando Send to
search box
con…AND o OR
• Completa la tua
ricerca dando l’invio
su Search PubMed
Consultare il tuo percorso
di ricerca
• Dai l’invio
sull’etichetta
History
Consulta il tuo percorso
di ricerca
Con history :
• Si visualizzano le ultime strategie di ricerca che sono
automaticamente salvate e cancellate dopo 8 ore di
inattività
• Le ricerche sono indicate da un numero preceduto
da #
• È possibile combinare le strategie nella history con
gli operatori logici. Va riportato il simbolo # seguito
dal numero
Partendo dalla tua history
seleziona gli argomenti
• Clicca sul primo
argomento
• Scegli l’ operatore
• clicca sul secondo
argomento
• Scegli
nuovamente
l’operatore
• Clicca su Go
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I tuoi risultati
Guarda i risultati
• Clicca su Display per
vedere il menù
• Scegli il formato
MEDLINE se vuoi
esportare i dati a un
software di gestione
bibliografica
Gestisci i tuoi risultati
• Tutti i risultati in
assenza di ulteriori
specifiche
• Selezione dei risultati
• Invio dei risultati alla
Clipboard
• Invia per E-mail
• Feed RSS
• Salva
Gestisci i tuoi risultati
Scegli file, apri la tendina di format, scegli MEDLINE poi
clicca su crea file
– Testo
– File
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11/01/2013
Salva la ricerca - 2
Salvare la ricerca - 1
• MyNCBI
• URL
– Clicca su Details
– Clicca su URL per
evidenziare
l’indirizzo web della
pagina con i risultati
della ricerca
– Usa la funzione
preferiti del browser
per salvare e
ritrovare la pagina
con i risultati
– Save Search
(salvataggio della
ricerca)
– Sign In
(registrazione)
– Dare un nome
alla ricerca
Funzioni aggiuntive
Richiamare la ricerca
• MyNCBI
– entra
– Clicca di
nuovo
MyNCBI
– Gestisci i
tuoi dati
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•
•
Database delle riviste
Ricerca diretta da citazioni specifiche
Feed RSS
Collegamenti agli articoli in full text, se
accessibili
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Altre risorse utili
• PubMed Help file :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhel
p.html
• PubMed FAQ (domande ricorrenti –
Frequently Asked Questions) :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/faq.html
• Tutorial PubMed interattivo :
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/clinics/
build.html
Altre risorse utili
• MeSH Medical Subject Headings/traduzione
italiana
a cura dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS);
l’accesso è gratuito, previa registrazione.
http://www.iss.it/site/mesh/
• Dizionario dei termini medici in Internet
Vocabolario on line italiano – inglese, ospitato
sul sito Pneumonet
http://www.pneumonet.it/scientifico/vocabolario/
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